第二个部门是彷徨海。
那是彷徨于北大西洋的巨大山脉其本身，也被称为〈移动石柩〉，组织内部没有一般的上下关系，被认为不像时钟塔般期望着魔术更进一步的发展，被视为魔术协会的原型，专心于人体改造和神代魔术的研究，现已基本和现代脱节。
第三个部门就是阿特拉斯院了。
它是存在于埃及的阿特拉斯山脉的部门，别名称为————〈巨人之地窖〉。
那里的学徒都是魔术回路并不优越之人，为专门发展〈炼金术〉的炼金术师聚集的研究组织，同其它两个部门相比，贯彻着很是彻底的秘密主义，和外界毫无交流，据说是连光线也溜不出去的活地狱。
也就是说，在〈魔术协会〉的三大部门里，除了时钟塔以外，其余两个部门基本都不和外界来往了。
三大部门整体规模相当，可老早就已经不太进行交涉。
彷徨海便认为神代的魔术至高无上，西历纪元后的魔术等同儿于戏，所以和钟塔处于冷战状态。
阿特拉斯院专心于〈炼金术〉的发展，着重于事象的变换，同时钟塔的现代〈炼金术〉研究的物质变换不同，缺乏互相理解。
而彷徨海与阿特拉斯院之间又各有研究的专题。
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